毛细管电泳仪是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，利用带电粒子之间的淌度和分配系数的差异进行分离。毛细管电泳仪与平板凝胶电泳仪的比较如下：

　　一、检测器选择：

　　1、毛细管电泳仪：多

　　2、平板凝胶电泳仪：少

　　二、分离度：

　　1、毛细管电泳仪：高

　　2、平板凝胶电泳仪：低

　　三、定量分析：

　　1、毛细管电泳仪：与高效液相色谱仪相当

　　2、平板凝胶电泳仪：困难

　　四、自动化：

　　1、毛细管电泳仪：容易

　　2、平板凝胶电泳仪：困难